SPL ČR vzniklo již v roce 1990, krátce po „sametové revoluci“, ve snaze vytvořit pro praktické lékaře určitou platformu při jednáních s centrálními organizacemi a tvorbě zcela nového systému zdravotní péče v ČR. Velice rychle – v podstatě během jednoho roku – se z několika nadšených zakládajících členů, kteří jeho činnost zpočátku organizovali ve svém volném čase a bytech, rozrostlo v plošnou, funkční a respektovanou organizaci s celostátním působením. V současné době má SPL ČR 5350 členů (přes 90% z celkového počtu praktických lékařů pro dospělé v ČR), což z něj činí vůbec největší dobrovolnou profesní organizaci lékařů v ČR.